عندما سقطت بغداد عام 1258م وهجرها الناس والحضارة، تلتها حالة من الغموض والضبابية لم تترك سوى نتف إخبارية وفتات من المعالم المعمارية. ومن هذه المعالم خان الخواجة مرجان الذي بني عام 1358م وفي التعريف بمعنى الخان ووظيفته، فهو محط رحال التجار في مدن الطريق بغرض الترويج للبضاعة أو الاستراحة من عناء الطريق على أبعاد محسوبة بحسب طاقة المسافر والأنعام وهي بحدود 30 كلم.
لا يملك علماء الآثار الكثير من المعلومات عن هذا البرج سوى من الأخبار التاريخية، إذ أنه هدم ولم يبق منه سوى أنقاض الطبقة السفلية من البرج والتي لا تتجاوز في ارتفاعها بضعة أمتار.والشيء المتفق عليه هو أن البناء كان خارق العلو وأن الكلدانيين - سكان بابل وبلاد مابين النهرين - قد نصبوا عليه مراصدهم الفلكية لمعرفة شروق وغروب النجوم.
أشهر ما في هذا المسجد هي المئذنة الملوية ، و هي مئذنة مقامة على قاعدة مربعة ضلعها ( 33 م ) و ارتفاعها ( 3 م ) يعلوها جزء اسطواني يحيط به من الخارج درج حلزوني يلتف حول بدن المئذنة من الخارج و ارتفاع الجزء الدائري حوالي ( 50 متر ) .